在《2009中国大学评价》中，清华大学以280.15分再列榜首，北京大学、浙江大学分别以224.66分、219.14分获得第2、第3名。至此，在《中国大学评价》中，清华大学已经连续13年位居榜首。清华大学、北京大学、浙江大学已经连续10年保持中国大学前三名。2009中国大学评价显示，浙江大学在科学研究领域以122.01分首次领先北京大学（120.74分）。
进入2009中国大学排行榜第4名至第10名的大学依次是：第4名上海交通大学，第5名南京大学，第6名复旦大学，第7名中国科学技术大学，第8名中山大学，第9名华中科技大学，第10名武汉大学。与上一年度的前10名相比，前7名顺序不变，中山大学重返前10名，位列第8。华中科技大学、武汉大学因中山大学上升到第8名而分别下降到第9名和第10名。西安交通大学没有保持住前10名。
《中国大学评价》课题组同时评出了2009年15所中国一流大学。与上一年度的16所中国一流大学名单相比较，中国农业大学因课题组提高了中国一流大学的标准而落选，没有新的大学进入中国一流大学。
